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4.Perl、数据库

2022-09-16 07:14:04


/usr/bin/perl -wuse strict;1. 数组:很多数构成向量,用@表示,可循环运算$、@变量2. 文本文件:一行一行换一行,类似于用Notepad打开,word中的不是3. sqs数组:ppt中第60页,每一行包括换行符


2019.10.15

勤奋,很好的研究,更好的生活。

Perl 变量、循环、替换

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

1. 数组:很多数构成向量,用@表示,可循环运算

$、@变量

2. 文本文件:一行一行换一行,类似于用Notepad打开,word中的不是

3. sqs数组:ppt中第60页,每一行包括换行符,数组从0开始,0对应第一行

4. 序列就是字符串,字符串包括>      \n\n换行几次

5. \s 代表广泛的字符,包括空格、换行符、Tab键

\t 相当于Tab键,一般是6个空格

数据库

1. 三大数据库

NCBI 美国国家生物信息中心

EBI 欧洲

DDBJ 日本的DNA数据银行

2. 蛋白质数据库 Pfam(同源蛋白质家族数据库)

3. SRA库 高通量测序

4. NP 拼接问题,测序测的短,拼接很难

5. scaffolds (序列)

6. 毛古杨的全基因组是Phytozome中的Assembly中。